Современный период

В 1990-е годы в Томске, как и в большинстве городов России, произошёл спад промышленного производства, особенно в машиностроении, ориентированном на военные госзаказы, в оказавшейся неконкурентоспособной лёгкой промышленности.

Перестали существовать приборный завод, радиотехнический завод; испытывал проблемы нефтехимический комбинат, несколько раз менявший собственника. В июле 1996 года на первых выборах мэра победу над действующим мэром Геннадием Коноваловым одержал глава администрации Советского района Александр Макаров.

В 2004 году Томску исполнилось 400 лет, руководство города и области добилось, за счёт подготовки к юбилею, выделения значительных средств из федерального бюджета на развитие города, в частности, на ремонт улиц. Празднование юбилея, намеченное на 3—5 сентября, совпало с Бесланскими событиями и было перенесено на 8—9 октября

В 2005 году правительство России объявило о создании на территории Томска особой экономической зоны технико-внедренческого типа, что предполагает инвестиции в экономику города и создание инновационных организаций.

В апреле 2006 года в Томске состоялась встреча на высшем уровне между федеральным канцлером Германии Ангелой Меркель и президентом России Владимиром Путиным. Объяснялось это значительной немецкой диаспорой, проживающей в крае (сам губернатор области Виктор Кресс является этническим немцем и девятым по счёту губернатором-немцем в истории города).

6 декабря 2006 года мэр Томска Александр Макаров был задержан в своём рабочем кабинете. Чуть позже по решению суда он был временно отстранён от занимаемой должности градоначальника, ему были предъявлены такие обвинения, как соучастие в преступлении, вымогательство и злоупотребление должностными полномочиями.

В марте 2009 года арестованный мэр Томска выиграл дело против России в Европейском суде по правам человека, который признал его арест незаконным и постановил России выплатить ему компенсацию в размере 8 тыс. евро (340 тыс. рублей), через месяц он был отпущен из СИЗО под залог в размере 4 млн рублей.

14 апреля 2010 года Макарова взяли под домашний арест, но Верховный Суд России признал необоснованным заключение под стражу томского мэра в декабре 2006 года. 15 ноября Томский областной суд вынес обвинительный приговор, А. Макаров приговорён к лишению свободы на срок 12 лет с исполнением наказания в колонии строгого режима, приговор был опротестован.

На конец 2012 года запланировано открытие визового центра Германии — первого визового центра в Томске. Возможно, что также будут выдаваться визы во Францию в Доме Франции, который, как ожидается, будет открыт летом 2012 года.